Sekolah adalah lembaga pendidikan yang penting setelah keluarga. Semakin
besar kebutuhan anak semakin berat kesibukan keluarga, orang tua biasanya
menyerahkan tanggung jawab pendidikannya kepada lembaga sekolah. Begitu pula Pondok pesantren Annuqthah mencoba menjawab kebutuhan anak-anak didik (santri) dengan berbagai pilihanJenjang sekolah formal di pesantren adalah:
a. SMP (Sekolah Menengah Pertama)
b. SMA (Sekolah Menengah Atas)
c. SMK (Sekolah Menengah Atas)