Sistem Pengajaran Pesantren An-Nuqthah meliputi beberapa Aspek Pendidikan. Aspek Kepondokan dan Pendidikan Formal sesuai dengan kurikulum yang berlaku. Kurikulum Kepondokan pesantren an-nuqthah berbasis pada Pendidikan Pesantren Modern Daar’eL Qolam serta disisipkan karakter Pondok Salafi.

Adalah Kiyai Zuhri sendiri dibantu Ust. Iwan Himawan selaku Kepala Bagian Pengajaran Pesantren Annuqthah membentuk Pondasi Pengajaran Pondok Pesantren.

Kurikulum

Sejak awal berdiri Pesantren An-Nuqthah sudah memulai Pengajaran dengan Bentukan Pendidikan Formal sesuai Kurikulum yang Berlaku. Kini tersedia tiga jenjang Pendidikan Formal yang dapat diambil bagi Santri AnNuqthah yaitu SMP, SMK dan SMA. Kurikulum yang digunakan adalah K’13.